El Biobanco de HM Hospitales está constituido como un "Biobanco en red" con una única organización y una actividad descentralizada en relación a los puntos de recogida que se encargan de la recolección y el procesamiento de las muestras biológicas para investigación obtenidas de los donantes o sujetos fuente y en relación al almacén de las mismas (Hospital Universitario HM Sanchinarro y Hospital Universitario HM Puerta del Sur) y un modelo centralizado en relación a la gestión del mismo desde la Oficina de Gestión del Biobanco ubicada en el Laboratorio de Dianas Terapéuticas (LDT).
El Biobanco de HM Hospitales, bajo la titularidad de la Fundación de Investigación HM Hospitales fue autorizado por la Dirección General de Inspección y Ordenación de la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid por Resolución de fecha 21 de diciembre de 2018 .
Está inscrito en el Registro Nacional de Biobancos del Instituto de Salud Carlos III con el número B.0001475.